En octubre de 1943, el Presidente de la República, Manuel Ávila Camacho, emitió el decreto para crear la Secretaría de Salubridad y Asistencia, a partir de la fusión de la entonces Secretaría de Asistencia Pública y del Departamento de Salubridad. Ante esta determinación presidencial, los trabajadores de ambas Dependencias, por medio de sus respectivos sindicatos, suscribieron un Convenio, con el aval de la F.S.T.S.E., para coordinarse y seguir atendiendo sus tareas como representantes laborales, y “elaborar la Convocatoria para el Congreso de los trabajadores de Asistencia Pública y de Salubridad”.
El Congreso fundador de la organización se llevó a cabo los días 13, 14 y 15 de marzo de 1944 en el Teatro de los Cinematografistas de la Ciudad de México, bajo su primera denominación: Sindicato Nacional de Trabajadores de la Secretaría de Salubridad y Asistencia.
El último día del Congreso Constituyente fueron aprobados: el Estatuto General, el Programa de Acción, el Emblema Sindical y electo el primer Comité Ejecutivo Nacional, iniciando funciones desde el mismo 15 de marzo, con Alfonso Peña Palafox como Secretario General. Desde el principio, en la historia de esta organización, la participación entusiasta, permanente, vanguardista y creciente de las mujeres en cargos de dirigencia sindical ha sido determinante, tal fue el caso de la electa Celia Sánchez de León al frente de la Secretaría de Actas y Acuerdos. La historia del Sindicato de Salud se ha escrito con eficacia y sentido de nación a partir de dos principios íntimamente ligados: por un lado, el ejemplar cumplimiento de los deberes laborales de sus integrantes, y por el otro, la lucha constante por mejores condiciones de trabajo y de justicia laboral y social para sus afiliados.
De esta manera, transcurridas siete décadas de existencia sindical, es posible contabilizar la celebración de 20 Congresos Nacionales, la integración de 30 Comités Ejecutivos Nacionales, el incremento de la membresía y la conquista y consolidación de los niveles de estabilidad y derechos laborales con los que cuentan los afiliados. También es necesario apreciar los enormes logros que ha tenido nuestro país en la prevención y combate a las enfermedades, así como en el mantenimiento de la salubridad y la higiene, gran parte de lo cual se debe, indiscutiblemente, a los resultados del esfuerzo laboral de los trabajadores agremiados en el S.N.T.S.A.
Indudablemente, la historia de la organización es la de mujeres y hombres que lo han integrado, la mayoría de ellos participando en la obtención de admirables resultados en el campo de la salud. Otros de sus integrantes, han tenido el honor de ser dirigentes sindicales en sus diversos niveles, y les ha correspondido por ello, atender el también meritorio esfuerzo de asumir la representación de sus compañeras y compañeros trabajadores, momento que es propicio para recordar y reconocer el empeño y dedicación que entregaron al Sindicato de Salud.
Diversas determinaciones del Estado mexicano en el transcurso de su existencia, han influido en la evolución sindical, de la misma manera que la creación de la Secretaría de Salubridad y Asistencia en 1943, la transformación de esta Dependencia en Secretaría de Salud en 1985, condujo a la adecuación de la denominación del S.N.T.S.A., fecha en la cual, adoptó el nombre que actualmente tiene: Sindicato Nacional de Trabajadores de la Secretaría de Salud.
De la misma manera, otras decisiones de los diversos órganos de gobierno de nuestro país, también han marcado el devenir sindical, entre ellas, se puede referir aquellas que han creado programas de salud o unidades de atención médica. De estas acciones destacan, por los efectos que han tenido en las dimensiones de la membresía o en la organización seccional, las que han llevado a la creación de los Institutos Nacionales de Salud, de los Hospitales Federales de Referencia y Regionales de Alta Especialidad, los Hospitales Civiles o Generales en los estados del país, los Hospitales Psiquiátricos, así como diversas unidades administrativas de la Secretaría de Salud.